研究開発事業計画の認定等に関する命令（平成二十四年内閣府・総務省・財務省・厚生労働省・農林水産省・経済産業省令・国土交通省・環境省令第二号）
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December 30, 2021
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研究開発事業計画の認定等に関する命令
平成二十四年十月三十一日内閣府・総務省・財務省・厚生労働省・農林水産省・経済産業省令・国土交通省・環境省令第二号
特定多国籍企業による研究開発事業等の促進に関する特別措置法（平成二十四年法律第五十五号）第二条第三項、第四条第一項、第二項第二号並びに第三項第二号及び第三号並びに第五条第一項の規定に基づき、並びに同法及び特定多国籍企業による研究開発事業等の促進に関する特別措置法施行令（平成二十四年政令第二百七十二号）を実施するため、研究開発事業計画の認定等に関する命令を次のように定める。
（新たな事業の創出及び就業の機会の増大をもたらすことが見込まれる事業の内容）
第一条特定多国籍企業による研究開発事業等の促進に関する特別措置法（以下「法」という。）第二条第三項の新たな事業の創出及び就業の機会の増大をもたらすことが見込まれるものとして主務省令で定める事業は、次の各号のいずれにも該当するものとする。
一新規性を有する事業であって、我が国産業の高度化に資するものであること。
二試験研究費及び開発費（法人税法施行令（昭和四十年政令第九十七号）第十四条第一項第三号に規定する開発費及び新たな事業の開始のために特別に支出する費用をいう。）の合計額が、毎事業年度、一億円を超えるものであること。
（特定多国籍企業と密接な関係を有する法人の範囲）
第二条法第四条第一項の密接な関係を有する法人として主務省令で定める法人は、次に掲げる法人とする。
一法第四条第一項の当該特定多国籍企業（以下この条において「当該企業」という。）の総株主等の議決権（総株主又は総出資者の議決権をいう。以下同じ。）の過半数を保有している法人
二当該企業がその総株主等の議決権の過半数を保有している法人（次号において「子法人」という。）
三子法人がその総株主等の議決権の過半数を保有している法人（次号において「孫法人」という。）
四孫法人がその総株主等の議決権の過半数を保有している法人
五当該企業及び前各号に掲げる法人が合算してその総株主等の議決権の過半数を保有している法人（前各号に掲げるものを除き、当該企業がその総株主等の議決権の一部を保有しているものに限る。）
（研究開発事業計画の認定の申請）
第三条法第四条第一項の規定により研究開発事業計画の認定を受けようとする特定多国籍企業（以下この条、次条及び第六条において「申請者」という。）は、様式第一による申請書一通及びその写し一通を、経済産業大臣を経由して、主務大臣に提出しなければならない。
２前項の申請書には、次に掲げる当該認定の手続に必要な書類を添付しなければならない。
一当該申請者の定款又はこれに代わる書面
二当該申請者及びその主要な子法人等（法第四条第一項に規定する子法人等をいう。以下同じ。）の最近二期間の事業報告書、貸借対照表及び損益計算書（これらの書類がない場合にあっては、最近一年間の事業内容の概要を記載した書類）
三当該申請者及びその主要な子法人等の株式の引受け又は出資の状況又は見込みを記載した書類
３主務大臣は、前項各号に掲げるもののほか、認定のために必要な書類の提出を求めることができる。
４第一項の申請書は、英語で記載することができる。
５第二項各号に掲げる書類及び第三項の書類が日本語又は英語によって記載されたものでないときは、その日本語又は英語による翻訳文を付さなければならない。
６主務大臣は、法第四条第三項の規定により研究開発事業計画の認定をしたときは、速やかに、その旨を申請者に通知するものとする。
７前項の通知は、様式第二による認定通知書に第一項の申請書の写しを添えて行うものとする。
（研究開発事業に常時使用する従業員）
第四条法第四条第二項第二号の主務省令で定める事項は、次に掲げるものとする。
一当該申請者又はその子法人等の従業員（研究開発事業の実施に関し専門的な知識又は経験を有する者に限る。第六条第一号において同じ。）であって、当該申請者が法第四条第一項の規定により設立しようとする国内関係会社（第六条第一号において「国内関係会社」という。）で受け入れようとする者の人数及び受け入れる期間の見込み
二外国人を受け入れようとする場合にあっては、外国人の在留に係る管理体制に関する事項
（研究開発事業に常時使用する従業員の数）
第五条法第四条第三項第二号の主務省令で定める数は、十人とする。ただし、研究開発事業計画の実施期間の最終事業年度においては、二十五人（当該研究開発計画の実施期間が三年以上四年未満であるものにあっては十五人、当該研究開発計画の実施期間が四年以上五年未満であるものにあっては二十人）とする。
（研究開発事業に常時使用する従業員に関する要件）
第六条法第四条第三項第二号の主務省令で定める要件は、次に掲げるものとする。
一当該申請者又はその子法人等の従業員一人以上を、研究開発事業計画の実施期間中に、国内関係会社で六月以上受け入れようとするものであること。
二外国人を受け入れようとする場合にあっては、外国人の在留に係る十分な管理体制を整備するものであること。
（実施期間）
第七条法第四条第三項第三号の主務省令で定める期間は、三年以上五年以下（法第十一条各項に規定する課税の特例の適用を受けようとする場合にあっては、五年）とする。
（研究開発事業計画の変更に係る認定の申請）
第八条法第五条第一項の規定により研究開発事業計画の変更の認定を受けようとする認定研究開発事業者（同項に規定する認定研究開発事業者をいう。以下同じ。）は、様式第三による申請書一通及びその写し一通を、経済産業大臣を経由して、主務大臣に提出しなければならない。ただし、軽微な変更については、この限りでない。
２前項の申請書には、次に掲げる書類を添付しなければならない。ただし、第二号に掲げる書類については、既に主務大臣に提出されている当該書類の内容に変更がないときは、申請書にその旨を記載して当該書類の添付を省略することができる。
一当該研究開発事業計画に従って行われた研究開発事業の実施状況を記載した書類
二第三条第二項各号に掲げる書類
３第三条第三項から第七項までの規定は、第一項の認定に準用する。
（認定研究開発事業計画の変更の指示）
第九条主務大臣は、法第五条第三項の規定により認定研究開発事業計画の変更を指示するときは、様式第四の通知書によりその旨を認定研究開発事業者に通知するものとする。
（認定研究開発事業計画の認定の取消し）
第十条主務大臣は、法第五条第二項又は第三項の規定により認定研究開発事業計画の認定を取り消すときは、様式第五の通知書によりその旨を認定研究開発事業者に通知するものとする。
（特許料軽減申請書の様式）
第十一条特定多国籍企業による研究開発事業等の促進に関する特別措置法施行令（以下「令」という。）第二条第一項の申請書は、一の申請ごとに様式第六により作成しなければならない。ただし、特許法（昭和三十四年法律第百二十一号）第百七条第一項に規定する第四年から第十年までの特許料を別に納付する場合は、その都度、様式第六により作成しなければならない。
（審査請求料軽減申請書の様式）
第十二条令第三条第一項の申請書は、一の申請ごとに様式第七により作成しなければならない。
（添付書面）
第十三条令第二条第一項又は第三条第一項の申請書（以下この条及び次条において「特許料軽減申請書等」という。）に添付すべき令第二条第一項の申請人が法第十条第一項各号のいずれにも該当する者であることを証する書面又は令第三条第一項の申請人が法第十条第二項各号のいずれにも該当する者であることを証する書面は、次に掲げる書面とする。
一申請人が認定研究開発事業計画に従って研究開発事業を行う中小企業者であることを証する書面
二申請に係る特許発明又は発明が特許法第三十五条第一項に規定する従業者等がした同項に規定する職務発明であることを証する書面
三申請に係る特許発明又は発明についてあらかじめ特許法第三十五条第一項に規定する使用者等に特許を受ける権利を承継させることが定められた契約、勤務規則その他の定めの写し
（特許料軽減申請書等の添付書面の省略）
第十四条特許料軽減申請書等に添付すべき書面（以下この条において「書面」という。）を他の特許料軽減申請書等の提出に係る手続において既に特許庁長官に提出した者は、当該他の特許料軽減申請書等に添付した書面に変更がないときは、特許料軽減申請書等にその旨を記載して当該書面の添付を省略することができる。ただし、特許庁長官は、特に必要があると認めるときは、当該書面の提出を命ずることができる。
（実施状況の報告）
第十五条認定研究開発事業者は、認定研究開発事業計画の実施期間の各事業年度における実施状況について、原則として当該事業年度終了後三月以内に、経済産業大臣を経由して、主務大臣に様式第八による実施状況報告書により報告をしなければならない。
２前項の実施状況報告書には、各事業年度に係る財産目録、貸借対照表及び収支計算書若しくは損益計算書又はこれらに準ずるものその他参考となるべき事項を記載した書類を添付しなければならない。
３第一項の実施状況報告書は、英語で記載することができる。
４第二項の書類が日本語又は英語によって記載されたものでないときは、その日本語又は英語による翻訳文を付さなければならない。
附 則
（施行期日）
第一条この命令は、法の施行の日（平成二十四年十一月一日）から施行する。
（特許法施行規則の一部改正）
第二条特許法施行規則（昭和三十五年通商産業省令第十号）の一部を次のように改正する。
第三十一条の二第二項中「、又は産業技術力強化法」を「、産業技術力強化法」に改め、「出願審査の請求をするときに限る。）」の下に「、又は特定多国籍企業による研究開発事業等の促進に関する特別措置法（平成二十四年法律第五十五号）第十条第二項の規定の適用を受けようとするとき」を加える。
様式第四十四の備考６中「又は産業技術力強化法」を「産業技術力強化法」に改め、「出願審査の請求をするときに限る。）」の下に「、又は特定多国籍企業による研究開発事業等の促進に関する特別措置法第１０条第２項の規定の適用を受けようとするとき」を加え、「又は「産業技術力強化法」を「、「産業技術力強化法」に改め、「第１７条第２項の規定による審査請求料の１／２軽減」」の下に「又は「特定多国籍企業による研究開発事業等の促進に関する特別措置法第１０条第２項の規定による審査請求料の１／２軽減」」を加える。
様式第六十九の備考７中「又は産業技術力強化法」を「、産業技術力強化法」に改め、「第１７条第１項第１号から第３号まで」の下に「又は特定多国籍企業による研究開発事業等の促進に関する特別措置法（平成２４年法律第５５号）第１０条第１項」を加え、「又は「産業技術力強化法」を「、「産業技術力強化法」に改め、「第１７条第１項の規定による特許料の１／２軽減」」の下に「又は「特定多国籍企業による研究開発事業等の促進に関する特別措置法第１０条第１項の規定による特許料の１／２軽減」」を加える。
第三条工業所有権に関する手続等の特例に関する法律施行規則（平成二年通商産業省令第四十一号）の一部を次のように改正する。
様式十九の備考７中「又は産業技術力強化法」を「、産業技術力強化法」に改め、「第１７条第１項第１号から第３号まで」の下に「又は特定多国籍企業による研究開発事業等の促進に関する特別措置法（平成２４年法律第５５号）第１０条第１項」を加え、「又は「産業技術力強化法」を「、「産業技術力強化法」に改め、「第１７条第１項の規定による特許料の１／２軽減」」の下に「又は「特定多国籍企業による研究開発事業等の促進に関する特別措置法第１０条第１項の規定による特許料の１／２軽減」」を加える。